CIR et CII : Différences, cumul et avantages pour vos projets digitaux

Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d'Impôt Innovation (CII) représentent deux leviers fiscaux majeurs pour financer la croissance des entreprises technologiques en France. Bien que complémentaires, ils financent des étapes distinctes : la R&D pure pour le CIR, le prototypage de nouveaux produits pour le CII.

Comment les différencier concrètement ? Sont-ils cumulables ? Quelles dépenses pouvez-vous déduire ? Décryptage complet de ces dispositifs et de l'intérêt stratégique de collaborer avec une agence agréée comme BeTomorrow.

BeTomorrow est officiellement agréée CIR et CII par le Ministère de la Recherche depuis 2023. Cet agrément permet à nos clients de récupérer jusqu'à 30% du montant de leurs projets digitaux éligibles.

Qu'est-ce que le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) ?

Définition et objectifs du CIR

Le Crédit d'Impôt Recherche est un dispositif fiscal créé en 1983 et progressivement renforcé pour encourager les entreprises françaises à investir dans la recherche et développement. Son principe : vous récupérez 30% de vos dépenses de R&D sous forme de crédit d'impôt, jusqu'à 100 millions d'euros par an (au-delà, le taux passe à 5%).

Le CIR finance trois types d'activités reconnues par le Manuel de Frascati (référentiel international de l'OCDE) :

• Recherche fondamentale : Travaux théoriques sans application commerciale immédiate

• Recherche appliquée : Projets orientés vers un objectif pratique défini

• Développement expérimental : Activités systématiques visant à lever des verrous technologiques ou à repousser l'état de l'art

Les bénéficiaires du CIR

Toutes les entreprises soumises à l'impôt sur les sociétés ou à l'impôt sur le revenu (BIC) peuvent bénéficier du CIR, sans condition de taille ou de secteur :

• Startups et scale-ups technologiques

• PME et ETI du numérique

• Grandes entreprises industrielles

• Agences digitales agréées (comme BeTomorrow)

Le dispositif est particulièrement stratégique pour le secteur du développement logiciel, où les projets impliquent fréquemment des phases de R&D (optimisation algorithmique, architecture innovante, sécurité avancée).

Qu'est-ce que le Crédit d'Impôt Innovation (CII) ?

Définition et particularités PME

Le Crédit d'Impôt Innovation est le petit frère du CIR, créé en 2013 pour cibler spécifiquement les phases aval de l'innovation. Il couvre les dépenses liées à la conception de prototypes et d'installations pilotes de nouveaux produits.

Particularités essentielles du CII :

• Réservé exclusivement aux PME au sens communautaire (moins de 250 salariés, CA < 50 M€ ou bilan < 43 M€)

• Taux de remboursement de 20% des dépenses éligibles

• Plafond annuel de 400 000 € de crédit d'impôt par entreprise

Contrairement au CIR qui exige une rupture avec l'état de l'art, le CII finance l'innovation marché : votre produit doit présenter des performances supérieures (techniques, ergonomiques, fonctionnelles) par rapport aux produits concurrents, sans nécessairement impliquer de recherche scientifique.

Exemple concret : Une application mobile offrant une interface utilisateur révolutionnaire ou une expérience UX inédite peut être éligible au CII, même si elle utilise des technologies standard.

CIR vs CII : Quelles sont les différences majeures ?

Comprendre la frontière entre ces deux dispositifs est crucial pour maximiser vos avantages fiscaux.

Le tableau ci-dessous résume les principales différences entre le crédit d'impôt à la recherche (CIR) et le crédit d'impôt à l'innovation (CII) en termes d'admissibilité, d'objectifs et d'avantages financiers.

La frontière est parfois floue. Un projet peut commencer par une phase CIR (développement d'un nouvel algorithme) puis basculer en CII (création du prototype commercial). D'où l'importance du rescrit fiscal pour sécuriser votre dossier auprès de l'administration.

La notion d'état de l'art est centrale pour le CIR : vos équipes doivent démontrer qu'aucune solution technique disponible ne permettait de résoudre le problème sans travaux de recherche. Pour le CII, il suffit de prouver que votre produit surpasse la concurrence.

Les dépenses éligibles au CIR et au CII

Dépenses éligibles au Crédit d'Impôt Recherche

Le périmètre est large et couvre l'ensemble de la chaîne de valeur R&D :

Dépenses de personnel

• Salaires et charges sociales des chercheurs et techniciens de recherche directement affectés aux projets de R&D

• Rémunérations des ingénieurs participant aux travaux de développement expérimental

• Jeunes docteurs : doublement de la quote-part pendant 24 mois (mesure incitative forte)

Dépenses de fonctionnement

• Frais calculés forfaitairement : 43% des dépenses de personnel pour les PME, 75% pour les autres dépenses

• Ou comptabilisation au réel (consommables, énergie, documentation scientifique)

Dotations aux amortissements

• Équipements et matériels neufs affectés directement à la R&D (serveurs, licences logicielles spécialisées, outils de développement)

Dépenses de sous-traitance

• Sous-traitance agréée (comme BeTomorrow) : prise en compte à 200% du montant facturé, dans la limite de 12 M€

• Sous-traitance auprès d'organismes publics (universités, CNRS) : également majorée

Frais de propriété intellectuelle

• Dépôt et maintenance de brevets

• Défense de brevets dans certaines conditions

Attention : Les dépenses de veille technologique, même liées à la R&D, ne sont pas éligibles au CIR. Seules les activités générant de nouvelles connaissances techniques comptent.

Dépenses éligibles au Crédit d'Impôt Innovation

Le périmètre du CII est plus restreint et concentré sur la phase de prototypage :

• Conception de prototypes : Salaires des équipes projet (designers, développeurs, chefs de projet) impliquées dans la création du prototype

• Installations pilotes : Coûts de mise en place d'une ligne de production test ou d'une version bêta du produit

• Dépenses de fonctionnement : Calculées forfaitairement (43% des salaires)

• Dépôts de dessins et modèles : Frais de protection de la propriété intellectuelle liée au produit nouveau

Exclusions : Contrairement au CIR, le CII ne couvre pas les dépenses de maintenance corrective ni d'amélioration incrémentale d'un produit existant.

Comment cumuler CIR et CII pour maximiser votre financement ?

Le cumul CIR + CII est autorisé. C'est même l'un des atouts majeurs du système fiscal français pour les entreprises innovantes. Ce cumul vous permet de couvrir l'ensemble de la chaîne de valeur, de la recherche fondamentale à la mise sur le marché du prototype.

Stratégie de cumul optimal

Voici comment structurer un projet digital pour maximiser les deux dispositifs :

Phase 1 - Recherche & Développement (CIR) :

• Conception de l'architecture technique innovante

• Développement d'algorithmes propriétaires

• Levée des verrous technologiques (performance, scalabilité, sécurité)

• Tests de faisabilité technique

Phase 2 - Prototypage & Innovation (CII) :

• Design du MVP (Minimum Viable Product)

• Développement de l'interface utilisateur innovante

• Tests utilisateurs et itérations sur le prototype

• Validation de la proposition de valeur marché

Exemple concret : Une PME développe une plateforme SaaS de gestion prédictive.

• Elle engage 200 000 € en R&D (développement d'IA propriétaire) éligibles au CIR → 60 000 € récupérés. £

• Elle investit ensuite 100 000 € dans le prototypage commercial (UX/UI innovante) éligibles au CII → 20 000 € récupérés.

• Total récupéré : 80 000 €, soit 28% du budget total.

💡 Documentez rigoureusement la distinction entre les phases CIR et CII dans vos fiches de temps et rapports techniques. Le Bofip (Bulletin Officiel des Finances Publiques) est strict sur la séparation des dépenses.

Conditions de cumul

Le cumul est soumis au respect du règlement européen de minimis pour le CII uniquement. Assurez-vous que le total des aides de minimis perçues sur 3 ans ne dépasse pas 300 000 €.

L'avantage de l'agrément CIR/CII avec BeTomorrow pour vos projets

Pourquoi choisir une agence agréée CIR/CII ?

Collaborer avec BeTomorrow, agence officiellement agréée par le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, vous offre trois avantages décisifs :

1. Doublement de la base de dépenses éligibles

Lorsque vous sous-traitez vos projets R&D à une structure agréée, vos dépenses sont prises en compte à 200% du montant facturé (dans la limite de 12 M€ par an).

Calcul concret : Vous payez 100 000 € HT à BeTomorrow pour un projet de développement éligible. Vous déclarez 200 000 € de dépenses CIR. Avec le taux de 30%, vous récupérez 60 000 € au lieu de 30 000 €.

2. Expertise technique et documentation robuste

Nos équipes maîtrisent les critères d'éligibilité du CIR appliqués au digital :

• Identification des verrous technologiques : Nous savons distinguer un développement standard d'un projet de R&D éligible

• Formalisation des travaux : Livrables techniques, rapports d'avancement, documentation des échecs et pivots (essentiels pour l'administration fiscale)

• Veille technologique : Nos experts en technologies digitales sont à la pointe de l'état de l'art

3. Sécurisation de votre dossier fiscal

BeTomorrow assure la traçabilité complète des prestations, éléments indispensables en cas de contrôle fiscal :

• Fiches de suivi projet détaillées

• Rapports techniques conformes aux exigences du Bofip

• Support pour la constitution du dossier CIR/CII avec votre cabinet comptable

Attention : BeTomorrow ne détermine pas l'éligibilité finale de votre projet au CIR/CII (pour éviter tout conflit d'intérêt). Nous vous recommandons de faire valider votre dossier par un cabinet spécialisé comme Jubea, fi-initiatives ou EIF Innovation.

Domaines d'intervention BeTomorrow

Nos domaines d'intervention couvrent les technologies de pointe particulièrement adaptées au CIR :

• Intelligence artificielle et machine learning

• Architectures cloud-native : scalabilité, haute disponibilité, data

• Applications mobiles innovantes : IA, 3D, XR

Conditions et démarches pour obtenir le CIR et le CII

Critères d'éligibilité

Pour le CIR :

• Être une entreprise soumise à l'IS ou à l'IR (BIC)

• Réaliser des activités de recherche fondamentale, appliquée ou de développement expérimental

• Pouvoir justifier du caractère scientifique des travaux (état de l'art, incertitudes techniques)

Pour le CII :

• Respecter la définition européenne de la PME

• Concevoir des prototypes de nouveaux produits ou installations pilotes

• Démontrer la supériorité des performances par rapport à la concurrence

Processus de déclaration (2026)

Étape 1 : Identification et documentation des projets

Constituez un dossier technique pour chaque projet comportant :

• Description des objectifs scientifiques et techniques

• Analyse de l'état de l'art initial (bibliographie, brevets, solutions existantes)

• Méthodologie des travaux de R&D

• Résultats obtenus (y compris les échecs, preuve du caractère expérimental)

• Moyens humains et matériels mobilisés

Étape 2 : Calcul des dépenses éligibles

Utilisez votre comptabilité analytique pour isoler :

• Les heures des salariés affectées au projet (fiches de temps obligatoires)

• Les factures de sous-traitance auprès de prestataires agréés

• Les amortissements des équipements dédiés

Étape 3 : Déclaration fiscale via le formulaire 2069-A-SD

Le formulaire Cerfa 2069-A-SD doit être déposé en même temps que votre déclaration de résultats :

• Cadre I : Dépenses de personnel

• Cadre II : Dépenses de fonctionnement

• Cadre III : Dépenses de sous-traitance (en distinguant les prestataires agréés)

• Cadre IV : Dépenses relatives aux brevets

• Section CII : À compléter séparément si vous êtes une PME

Le crédit d'impôt est ensuite imputé sur l'IS dû. Si le montant excède l'impôt, le solde est remboursable (immédiatement pour les PME et jeunes entreprises innovantes, après 3 ans pour les autres).

Le rescrit fiscal : sécurisez votre position

Le rescrit fiscal CIR vous permet d'interroger l'administration fiscale avant d'engager vos dépenses. Vous exposez votre projet et demandez confirmation de son éligibilité.

Avantages du rescrit :

• Sécurité juridique totale (l'administration est liée par sa réponse)

• Prévention des redressements fiscaux

• Clarification des zones grises (notamment sur la qualification du développement expérimental)

Le rescrit doit être adressé à la délégation régionale à la recherche et à la technologie dont vous dépendez. Comptez 3 mois de délai de réponse.

FAQ : Vos questions sur le CIR et le CII

Le développement d'une application mobile classique est-il éligible au CIR ?

Non, pas en tant que tel. Le simple développement applicatif utilisant des frameworks standard (React Native, Flutter) n'est pas éligible. En revanche, si votre projet comporte des phases de R&D (optimisation d'algorithmes, développement d'une architecture data spécifique pour gérer de très gros volumes de données en temps réel), ces phases spécifiques peuvent être éligibles.

Puis-je déclarer au CIR des projets qui ont échoué ?

Oui, absolument. L'échec fait partie intégrante de la démarche de R&D. Un projet qui n'aboutit pas à un résultat commercial mais qui a généré de nouvelles connaissances techniques est parfaitement éligible. Documentez simplement les raisons de l'échec et les enseignements tirés.

Quelle est la différence entre sous-traitance agréée et non agréée pour le CIR ?

Sous-traitance agréée (prestataire agréé CIR comme BeTomorrow) :

• Prise en compte à 200% du montant facturé

• Plafond : 12 M€ de dépenses déclarées

Sous-traitance non agréée (freelance, agence standard) :

• Prise en compte au réel (100%)

• Plafond beaucoup plus restrictif : uniquement 2 M€

Le CIR est-il cumulable avec d'autres aides publiques ?

Oui, le CIR est cumulable avec la plupart des aides publiques (subventions Bpifrance, aides régionales). En revanche, vous devez déduire les subventions perçues de l'assiette de calcul du CIR pour éviter un double financement de la même dépense.

Combien de temps puis-je conserver le bénéfice du CIR non imputé ?

Le crédit d'impôt non utilisé (car supérieur à l'IS dû) génère une créance remboursable :

• Immédiatement pour les PME, JEI et entreprises nouvelles

• Après 3 ans pour les autres entreprises

Dois-je déclarer le CIR si je suis en déficit fiscal ?

Oui. Le CIR n'est pas une réduction d'impôt mais un crédit d'impôt, ce qui signifie qu'il vous est dû même si vous ne payez pas d'IS. Vous obtenez alors un remboursement de l'État.

Passez à l'action : maximisez vos avantages fiscaux

Le CIR et le CII ne sont pas de simples niches fiscales. Ils représentent un véritable levier stratégique pour financer jusqu'à 30% de vos projets d'innovation digitale. En les combinant intelligemment, vous transformez vos coûts de R&D en investissements partiellement remboursés.

BeTomorrow vous accompagne de bout en bout :

• Cadrage technique de vos projets pour identifier les phases R&D éligibles

• Réalisation des développements avec nos équipes d'experts

• Documentation complète conforme aux exigences fiscales

• Support pour la constitution de votre dossier avec votre conseil fiscal

Vous avez un projet innovant en cours ou en réflexion ? Contactez notre équipe pour évaluer son éligibilité aux dispositifs CIR et CII. Nos experts techniques vous répondent sous 48h.

Découvrez nos ressources : Retrouvez toutes nos analyses sur l'innovation digitale sur notre blog, avec nos derniers articles sur l'IA générative, les serveurs MCP et l'adoption de l'intelligence artificielle par les entreprises françaises.

Cet article, initialement publié en août 2024, a été mis à jour le 14 janvier 2026 afin d’intégrer les informations récentes en matière de financement de l'innovation.

Sources officielles

• Ministère de l'Économie et des Finances - CIR

• Direction Générale des Entreprises - CII

• Bofip - BOI-BIC-RICI-10 (doctrine fiscale CIR)

• Manuel de Frascati 2015 - OCDE